Construit en 1995 par l'architecte Pierre-Louis Faloci, le musée dessine dans les moindres détails le portrait de Bibracte, ville éphémère, à la lumière des dernières découvertes archéologiques. 

La galerie supérieure, qui forme la première partie de l'exposition permanente, présente les quelque deux cents oppida (villes fortifiées) qui investirent soudainement le monde celtique vers la fin du IIe siècle avant J.-C. À la fin de l’âge du Fer, ce phénomène urbain original transforma brutalement une vaste zone de l’Europe en un territoire structuré par un réseau de villes, dont Bibracte est un des exemples des plus étudiés.

La galerie inférieure du musée examine dans ses moindres détails le dossier archéologique de Bibracte, - les remparts, les quartiers, les ateliers d’artisans et les maisons, les espaces publics, etc.- pour constater que l’évolution de l’oppidum témoigne d’une mutation radicale à un moment clé de l’histoire : entre la fondation de Bibracte et son abandon un siècle plus tard, la Gaule est devenue romaine.