Au pied du site archéologique, le musée présente l'histoire de Bibracte, capitale gauloise, et l’actualité de la recherche archéologique.

Construit en 1995 à l'entrée du site par l'architecte Pierre-Louis Faloci, le musée dessine dans les moindres détails le portrait de Bibracte, ville éphémère, à la lumière des dernières découvertes archéologiques.

La galerie supérieure, qui forme la première partie de l'exposition permanente, présente les quelque deux cents oppida (vastes sites fortifiés) qui investirent soudainement le monde celtique vers la fin du IIème siècle avant J.-C.

La galerie inférieure déroule ensuite le parcours de vie de Bibracte, tumultueux malgré sa brièveté. C'est qu'en l'espace d'un siècle, les habitants de la ville connurent une véritable révolution culturelle : de Gaulois qu'ils étaient, ils devinrent Gallo-romains.